A formação presbiteral nesta Igreja Particular da Diocese de Ruy Barbosa não se reduz aos anos da fundação das estruturas do Seminário Bom Pastor, mas possui um longo e belo caminho. Desde 1987, o então Sr. Bispo Dom Mathias William Schmidt, salientava a importância da oração pelas vocações e do incentivo aos jovens. Neste mesmo ano, a formação acontecia em Recife e em Paraíba. Em 1994, com a chegada de André de Witte, a formação presbiteral passou a ganhar um corpo mais estruturado.

O Seminário Propedêutico teve início em nossa diocese no ano de 1998, na cidade de Utinga. Em 1999, a formação passou a acontecer em Salvador. Já em 2001, por Ilhéus ter uma caminhada mais próxima da realidade diocesana, a formação passou a acontecer naquelas terras. Em março de 2004, com a inauguração da Faculdade Arquidiocesana de Feira de Santana, com o intuito de reunir todos os seminários da Província Eclesiástica de Feira de Santana e formar os futuros padres mais inseridos em nossa realidade, a formação passa a acontecer em Feira de Santana, no Seminário Dom Mário Zanetta – Diocese de Paulo Afonso.

Neste mesmo ano, surge o sonho da construção do Seminário diocesano. Em 2007, este sonho começa a tomar forma. Graças à generosidade dos membros das comunidades da diocese e de diversos benfeitores, a estrutura foi erguida e, em fevereiro de 2008, os seminaristas passaram a morar no Seminário Bom Pastor. No dia 24 de agosto de 2008, aconteceu a bênção de inauguração do nosso seminário diocesano, com a presença das paróquias de nossa Diocese. 

O Seminário Bom Pastor leva este tão emblemático nome, pois tem sido um espaço de formação que já enviou e deseja continuar enviando padres, pastores segundo o coração de Jesus. O Seminário deseja ser essa casa de formação que gere bons pastores, a exemplo do Cristo Bom Pastor, para servir ao povo, assumindo a causa do Reino de Deus no serviço e na oferta de si de forma oblativa.